Ab 1988 hat sich Sam Thöni vermehrt auch mit der Malerei beschäftigt. Er liebt die intensiven Farben und gestaltet mit ihnen abstrakte, ausdrucksstarke Kompositionen. Seine Werke sind in jüngster Zeit meist mit leuchtenden Acryl-Farben auf Leinwand, Papier, Karton oder OSB-Holzplatten gemalt und gespachtelt. Eingesetzt werden auch Farbstift, Bleistift, Kreide und Kohle. Unter den Bildern sind ebenfalls einige grossformatige zu finden. Die Werke tragen neben der sehr bezeichnenden Benennung «Tanz der Farben» auch Titel wie «Orkan», «Traum» und «Blues».
